南京农业大学2022年在全国本科院校排名第61位，南京农业大学前身可溯源至1902年三江师范学堂农学博物科和1914年私立金陵大学农科。

南京农业大学2022年在全国本科院校排名第61位，本省大学排名第9位。

南京农业大学2021年全国本科大学排名第60位，2020年排名第59位，2019年排名第64位。

南京农业大学拥有一级学科国家重点学科4个，二级学科国家重点学科3个，国家重点培育学科1个。在第四轮全国一级学科评估中，作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理4个学科获评A+，公共管理、食品科学与工程、园艺学3个学科获评A类。有8个学科进入江苏高校优势学科建设工程。